Ο ναός κατασκευάστηκε στα μέσα του 13ου αιώνα ως το καθολικό της μονής των Δομινικανών στο Ηράκλειο. Βρίσκεται στην περιοχή Καστέλα, ανάμεσα στο ενετικό λιμάνι και την Πύλη Δερματά, στην παραλιακή λεωφόρο Σοφοκλή Βενιζέλου.
Αρχικά ήταν μονόκλιτη ξυλόστεγη βασιλική, με εγκάρσιο κλίτος και παρεκκλήσια στους τοίχους. Κατά την Ενετοκρατία λειτούργησε και ως τόπος ταφής σημαντικών προσωπικοτήτων της πόλης. Ενώ κατα την διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας, ο ναός μετατράπηκε σε τζαμί (Ιμπραήμ) – προστέθηκε μιναρές στη νοτιοδυτική γωνία (ο οποίος πια δεν υπάρχει).
Ο ναός έχει υποστεί καταστροφές από σεισμούς και άλλες φθορές διαχρονικά.
Πρόσφατα (2007-2009) έγιναν εργασίες αναστήλωσης και ανασκαφές στον περιβάλλοντα χώρο.
Στα παρεκκλήσια σώζονται ακόμα τοιχογραφίες του 14ου αιώνα, που θεωρούνται οι μοναδικές στην πόλη.
Ο ναός σήμερα λειτουργεί ως επετειακός ναός και ως χώρος διεξαγωγής συνεδρίων / εκδηλώσεων. Ενώ είναι επισκέψιμος καθημερινά.